Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Акватория, акватории, акватории, акваторий, акватории, акваториям, акваторию, акватории, акваторией, акваториею, акваториями, акватории, акваториях
аквато́рия
-и, ж.
Водная поверхность чего-л., участок водной поверхности в определенных границах.
Акватория гидроаэропорта. Акватория морского укрепленного района.
□
На всей акватории Индийского океана удавалось наблюдать скопления животных, которые мигрировали в течение суток. Крепс, «Витязь» в Индийском океане.
[лат. aquatorium]
АКВАТОРИЯ, и, ж. (спец.). Поверхность водного пространства, водоёма; водный участок. А. порта. А. Мирового океана.
| прил. акваториальный, ая, ое.
аквато́рия
АКВАТОРИЯ -и; ж. [лат. aquatorium]. Водная поверхность чего-л., участок моря, водохранилища или порта в установленных границах. А. гидроаэропорта. А. морского укреплённого района. По всей акватории Индийского океана.