Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Альтернация, альтернации, альтернации, альтернаций, альтернации, альтернациям, альтернацию, альтернации, альтернацией, альтернациею, альтернациями, альтернации, альтернациях
АЛЬТЕРН’АЦИЯ, альтернации, ·жен. (·лат. alternatio) (линг.). Закономерное чередование звуков в словах с общей основой.