ВАКУОЛЯ

Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Вакуоля, вакуоли, вакуоли, вакуоль, вакуоле, вакуолям, вакуолю, вакуоли, вакуолей, вакуолею, вакуолями, вакуоле, вакуолях