Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Волдырь, волдыри, волдыря, волдырей, волдырю, волдырям, волдырь, волдыри, волдырём, волдырями, волдыре, волдырях
ВОЛДЫРЬ, я, м. Болезненное образование на коже наполненное жидкостью вздувшееся место. В. вскочил. Натереть волдыри. В. от ожога.
волды́рь
ВОЛДЫРЬ -я; м. Водяной подкожный пузырь, вздутие (от ожога, укуса насекомого и т.п.). В. вскочил. Все ноги в волдырях.
ВОЛД’ЫРЬ, волдыря, ·муж. (·разг. ). Водяной пузырь на теле под тонкой кожицей (от ожога).
| Шишка, вздувшийся нарост на теле от удара, ушиба.
Относительно происхождения этого слова нет единого мнения. Возможно, образовано от несохранившегося в современном языке водлый – "водяной".