Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Единоначальник, единоначальники, единоначальника, единоначальников, единоначальнику, единоначальникам, единоначальника, единоначальников, единоначальником, единоначальниками, единоначальнике, единоначальниках
единонача́льник
-а, м. устар.
Лицо, осуществляющее единоначалие.
ЕДИНОНАЧ’АЛЬНИК, единоначальника, ·муж. (неол. офиц.). Командир какой-нибудь части, объединяющий в своем лице военное и политическое руководство.
| Руководитель какого-нибудь предприятия или учреждения, единолично осуществляющий управление.