Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Инструментарий, инструментарии, инструментария, инструментариев, инструментарию, инструментариям, инструментарий, инструментарии, инструментарием, инструментариями, инструментарии, инструментариях
инструмента́рий
-я, м.
Совокупность инструментов (в 1 знач.), употребляемых в какой-л. специальности.
Смотрите, как подобран инструментарий, ничто не забыто, можно сделать в случае нужды любую операцию, вплоть до трепанации черепа. Панова, Спутники.
ИНСТРУМЕНТАРИЙ, я, м. (спец.). Совокупность инструментов (в 1 знач.), употр. в какой-н. специальной области. Хирургический и.
инструмента́рий
ИНСТРУМЕНТАРИЙ -я; м. Совокупность инструментов (1 зн.), употребляемых в какой-л. специальности. Хирургический и.
ИНСТРУМЕНТ’АРИЙ, инструментария, ·муж. (·книж., спец.). Подбор, совокупность инструментов, употр. в какой-нибудь специальности. Инструментарий операционной приведен в порядок.