Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Маргиналии, маргиналий, маргиналиям, маргиналии, маргиналиями, маргиналиях
маргина́лии
-ий, мн. (ед. маргиналия, -и, ж.). книжн.
Заголовки или заметки, примечания, помещенные на полях книги или рукописи.
[От лат. margo, marginis — край]
маргина́лии
МАРГИНАЛИИ -ий; мн. (ед. маргиналия, -и; ж.). [от лат. margo (marginis) — край]
1. Спец. Пометки, примечания, сделанные на полях рукописи, книги.
2. Полигр. Заголовки, вынесенные на поля книги, журнала.
◁ Маргинальный (см. 2.М.).
МАРГИН’АЛИИ, маргиналиев, ед. нет (от ·лат. marginalis — находящийся на краю) (·книж. ). Заметки на полях книги или рукописи.