Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Мегатонна, мегатонны, мегатонны, мегатонн, мегатонне, мегатоннам, мегатонну, мегатонны, мегатонной, мегатонною, мегатоннами, мегатонне, мегатоннах
мегато́нна
МЕГАТОННА -ы; ж. Единица измерения мощности ядерного взрыва, заряда, равная энергии взрыва миллиона тонн взрывчатого вещества. Бомба в пять мегатонн.