Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Мелкодонный, мелкодонная, мелкодонное, мелкодонные, мелкодонного, мелкодонной, мелкодонного, мелкодонных, мелкодонному, мелкодонной, мелкодонному, мелкодонным, мелкодонный, мелкодонную, мелкодонное, мелкодонные, мелкодонного, мелкодонную, мелкодонное, мелкодонных, мелкодонным, мелкодонной, мелкодонною, мелкодонным, мелкодонными, мелкодонном, мелкодонной, мелкодонном, мелкодонных, мелкодонен, мелкодонна, мелкодонно, мелкодонны, мелкодоннее, помелкодоннее, мелкодонней, помелкодонней
мелкодо́нный
-ая, -ое.
С плоским, неглубоко сидящим в воде дном.
Мелкодонная лодка.
мелкодо́нный
МЕЛКОДОННЫЙ -ая, -ое. Имеющий неглубоко сидящий в воде корпус и плоское дно (о лодках).
МЕЛКОД’ОННЫЙ, мелкодонная, мелкодонное (спец.). С неглубоким дном. Мелкодонная лодка.