Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Микрококк, микрококки, микрококка, микрококков, микрококку, микрококкам, микрококка, микрококков, микрококком, микрококками, микрококке, микрококках
МИКРОК’ОКК, микрококка, ·муж. (·греч. mikros — маленький и kokkos — зерно) (бактер.). Бактерия шаровидной формы.