Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Микроорганизм, микроорганизмы, микроорганизма, микроорганизмов, микроорганизму, микроорганизмам, микроорганизм, микроорганизмы, микроорганизмом, микроорганизмами, микроорганизме, микроорганизмах
микрооргани́зм
-а, м.
Невидимый невооруженным глазом растительный или животный организм.
МИКРООРГАНИЗМ, а, м. Мельчайший, преимущественно одноклеточный животный или растительный организм, различимый лишь в микроскоп.
| прил. микроорганизменный, ая, ое (спец.).
микрооргани́зм
МИКРООРГАНИЗМ -а; м. Мельчайший растительный или животный организм, видимый только в микроскоп. Изучать микроорганизмы.
МИКРООРГАН’ИЗМ, микроорганизма, ·муж. (биол.). То же, что микроб.