Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Микроструктура, микроструктуры, микроструктуры, микроструктур, микроструктуре, микроструктурам, микроструктуру, микроструктуры, микроструктурой, микроструктурою, микроструктурами, микроструктуре, микроструктурах
микрострукту́ра
-ы, ж. спец.
Строение твердых веществ, видимое под микроскопом.
Микроструктура металла.
микрострукту́ра
МИКРОСТРУКТУРА -ы; ж. Спец. Строение твёрдых веществ, видимое под микроскопом. М. металла.