Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Перпендикуляр, перпендикуляры, перпендикуляра, перпендикуляров, перпендикуляру, перпендикулярам, перпендикуляр, перпендикуляры, перпендикуляром, перпендикулярами, перпендикуляре, перпендикулярах
перпендикуля́р
-а, м. мат.
Прямая линия, пересекающая другую линию или плоскость под прямым углом.
Опустить перпендикуляр на плоскость.
[От лат. perpendicularis — отвесный]
ПЕРПЕНДИКУЛЯР, а, м. В математике: прямая, составляющая прямой угол с другой прямой или плоскостью. Опустить п.
перпендикуля́р
ПЕРПЕНДИКУЛЯР -а; м. [от лат. perpendicularis — отвесный] Прямая линия, пересекающая данную линию или плоскость под прямым углом. Опустить п. на плоскость.
Заимствовано из латинского языка, где perpendicularis произведено от существительного perpendiculum – "отвес", образованного от глагола perpendere – "отвешивать", к которому восходит и такое, например, существительное, как пенсия.