Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Прогимназия, прогимназии, прогимназии, прогимназий, прогимназии, прогимназиям, прогимназию, прогимназии, прогимназией, прогимназиею, прогимназиями, прогимназии, прогимназиях
прогимна́зия
-и, ж.
Неполное среднее общеобразовательное учебное заведение для мальчиков или девочек в дореволюционной России, соответствовавшее четырем классам гимназии.
Женская прогимназия.
ПРОГИМНАЗИЯ, и, ж. Неполная гимназия (с четырёх- или шестиклассным курсом).
прогимна́зия
ПРОГИМНАЗИЯ -и; ж. [от греч. pro — вместо и сл. гимназия] В России до 1917 г.: неполное среднее общеобразовательное учебное заведение для мальчиков или девочек, соответствующее четырём классам гимназии (выпускники могли продолжить обучение в гимназии). Женская прогимназия.
ПРОГИМН’АЗИЯ, прогимназии, ·жен. (от ·лат. pro — перед и слова гимназия) (·дорев. ). Учебное заведение с неполным гимназическим курсом (4 — 6 классов). Шестиклассная прогимназия.