Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Протококковый, протококковая, протококковое, протококковые, протококкового, протококковой, протококкового, протококковых, протококковому, протококковой, протококковому, протококковым, протококковый, протококковую, протококковое, протококковые, протококкового, протококковую, протококковое, протококковых, протококковым, протококковой, протококковою, протококковым, протококковыми, протококковом, протококковой, протококковом, протококковых, протококков, протококкова, протококково, протококковы, протококковее, попротококковее, протококковей, попротококковей