Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Тромбоэмболия, тромбоэмболии, тромбоэмболии, тромбоэмболий, тромбоэмболии, тромбоэмболиям, тромбоэмболию, тромбоэмболии, тромбоэмболией, тромбоэмболиею, тромбоэмболиями, тромбоэмболии, тромбоэмболиях