Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Филогения, филогении, филогении, филогений, филогении, филогениям, филогению, филогении, филогенией, филогениею, филогениями, филогении, филогениях
ФИЛОГЕН’ИЯ, филогении, мн. нет, ·жен. (биол.).
1. Наука, изучающая закономерность развития животного и растительного мира.
2. То же, что филогенез.