Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Флогистон, флогистоны, флогистона, флогистонов, флогистону, флогистонам, флогистон, флогистоны, флогистоном, флогистонами, флогистоне, флогистонах
ФЛОГИСТ’ОН, флогистона, мн. нет, ·муж. (от ·греч. phlogistos — горючий) (·хим. ·ист. ). Тоже, что теплород.