Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Чернокорень, чернокорни, чернокорня, чернокорней, чернокорню, чернокорням, чернокорень, чернокорни, чернокорнем, чернокорнями, чернокорне, чернокорнях
черноко́рень
ЧЕРНОКОРЕНЬ -рня; м. Ботан. Ядовитое растение сем. бурачниковых (используется в медицине и сельском хозяйстве для борьбы с грызунами и насекомыми).