Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Шпроты, шпрот, шпротам, шпроты, шпротами, шпротах
шпро́ты
шпрот и шпротов, мн. (ед. шпрота, -ы, ж. и шпрот, -а, м.).
1.
Мелкая морская промысловая рыба сем. сельдевых.
2. мн. ч. (шпроты, шпрот и шпротов).
Консервы из этой или другой мелкой рыбы (салаки, кильки и др.).
[нем. Sprotten]
ШПРОТЫ, от и ов, ед. ота, ы, ж. и от, а, м. Небольшие рыбки сем. сельдевых, обычно копчёные и законсервированные в масле.
| прил. шпротный, ая, ое.
шпро́ты
ШПРОТЫ шпрот и шпротов; мн. (ед. шпрота, -ы; ж.; шпрот, -а; м.)
1. Мелкая морская промысловая рыба сем. сельдевых.
2. только мн.: шпроты, шпрот и шпротов. Консервы из этой рыбы.
ШПР’ОТЫ, шпрот, ед. шпрот, шпрота, ·муж., и (·разг.) шпрота, шпроты, ·жен. (·нем. Sprotten). Копченые кильки, консервированные в масле.
Заимствование из немецкого, где Sprotte (буквально "маленькая рыбка") родственно Spross ("потомок") от spriessen – "пускать ростки" (ср. также родственное spritzen – "брызгать").