Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Эстуарий, эстуарии, эстуария, эстуариев, эстуарию, эстуариям, эстуарий, эстуарии, эстуарием, эстуариями, эстуарии, эстуариях
эстуа́рий
-я, ж. геогр.
Однорукавное воронкообразное устье реки, расширяющееся в сторону моря.
[От лат. aestuarium — берег, заливаемый приливом]