Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
автокефалия, автокефалии, автокефалии, автокефалий, автокефалии, автокефалиям, автокефалию, автокефалии, автокефалией, автокефалиею, автокефалиями, автокефалии, автокефалиях
автокефа́лия
АВТОКЕФАЛИЯ -и; ж. [от греч. autos — сам и kephalē — голова]. Независимая самостоятельная церковь православной веры (первые автокефальные церкви возникли в процессе обособления восточных провинций Византии). Русская, грузинская, византийская, греческая а.
◁ Автокефальный, -ая, -ое. А-ая церковь.