Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Водоём, водоёмы, водоёма, водоёмов, водоёму, водоёмам, водоём, водоёмы, водоёмом, водоёмами, водоёме, водоёмах
ВОДОЁМ, а, м. Место скопления или хранения воды (озеро, бассейн, пруд, водохранилище). Естественный, искусственный в.
| прил. водоёмный, ая, ое.
Образовано путем сложения слов вода и ем, буквально "то, в чем собирается вода".