Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Манускрипт, манускрипты, манускрипта, манускриптов, манускрипту, манускриптам, манускрипт, манускрипты, манускриптом, манускриптами, манускрипте, манускриптах
манускри́пт
-а, м. книжн.
Рукопись, преимущественно древняя.
— Две тысячи старинных рукописей вывезены в Копенгаген ---. Десятки лет ведутся переговоры. Датчане уверяют, что в Копенгагене манускрипты лучше сохраняются. Первенцев, В Исландии.
[лат. manuscriptum]
МАНУСКРИПТ, а, м. (книжн.). Рукопись, преимущ. древняя. Старинные манускрипты.
манускри́пт
МАНУСКРИПТ -а; м. [лат. manuscriptum] Книжн. Древняя рукопись. Хранилище манускриптов. Читать м. Редкий м.
МАНУСКР’ИПТ, манускрипта, ·муж. (·лат. manuscriptum) (·книж. ·устар. ). Рукопись, преим. древняя. Исторический манускрипт. «Вы вместо слова рукопись сказали — манускрипт.» Куприн.