Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Мелководье, мелководья, мелководья, мелководий, мелководью, мелководьям, мелководье, мелководья, мелководьем, мелководьями, мелководье, мелководьях
мелково́дье
-я, ср.
1.
Низкий уровень воды (в реке, озере и т. п.), а также период времени, когда реки, озера и т. п. мелеют.
Мелководье и полноводье чередуются здесь [на Амуре], по наблюдениям местных жителей, пятилетием: пять лет полноводных, за ними пять мелководных. Гарин-Михайловский, По Корее, Маньчжурии и Ляодунскому полуострову.
2.
Участок реки, озера и т. п. с небольшой глубиной.
Онисим потрогал рукой свой челнок и сдвинул его с мелководья. Сергеев-Ценский, сад.
МЕЛКОВОДЬЕ, я, род. мн. дий, ср. Низкий уровень воды в реке, водоёме. Летнее м.
мелково́дье
МЕЛКОВОДЬЕ -я; ср.
1. Низкий уровень воды (в реке, озере и т.п.). Летнее м. / О периоде, когда в реке, озере и т.п. низкий уровень воды. В м. судоходство замирает.
2. Участок (обычно прибрежный) реки, озера и т.п. с небольшой глубиной. Купаться на м. Вытащить лодку на м. Плыть по мелководью.
МЕЛКОВ’ОДЬЕ, мелководья, мн. нет, ср. Низкий уровень воды в реке. Мелководье мешает движению судов.
| Период времени, когда реки мелеют. В мелководье большие пароходы не ходят.