Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Микрокефалия, микрокефалии, микрокефалии, микрокефалий, микрокефалии, микрокефалиям, микрокефалию, микрокефалии, микрокефалией, микрокефалиею, микрокефалиями, микрокефалии, микрокефалиях
микрокефа́лия
МИКРОКЕФАЛИЯ см. Микроцефалия.
МИКРОКЕФ’АЛИЯ, см. МИКРОКЕФ’АЛ.