Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Микроцефалия, микроцефалии, микроцефалии, микроцефалий, микроцефалии, микроцефалиям, микроцефалию, микроцефалии, микроцефалией, микроцефалиею, микроцефалиями, микроцефалии, микроцефалиях
микроцефа́лия
-и, ж. антроп.
Ненормально малые размеры черепа.
[От греч. μικρός — малый и κεφαλή — голова]
микроцефа́лия
МИКРОЦЕФАЛИЯ, МИКРОКЕФАЛИЯ, -и; ж. [от греч. mikros — малый и kephalē — голова] Антроп. Ненормально малые размеры головы.
МИКРОЦЕФ’АЛИЯ и микрокефалия, микрокефалии, мн. нет, ·жен. (от ·греч. mikros — малый и kephale — голова) (мед.). Ненормально малый объем черепа, болезненно недоразвитая голова.