Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Подсистема, подсистемы, подсистемы, подсистем, подсистеме, подсистемам, подсистему, подсистемы, подсистемой, подсистемою, подсистемами, подсистеме, подсистемах
подсисте́ма
-ы, ж. спец.
Часть какой-л. системы, обладающая относительной целостностью.
Подсистема бухгалтерского учета. Подсистема оперативного управления.
подсисте́ма
ПОДСИСТЕМА -ы; ж. Часть какой-л. системы, характеризуемая относительной целостностью. П. бухгалтерского учёта. П. оперативного управления.