Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Подшкипер, подшкиперы, подшкипера, подшкиперов, подшкиперу, подшкиперам, подшкипера, подшкиперов, подшкипером, подшкиперами, подшкипере, подшкиперах
подшки́пер
-а, м.
Помощник шкипера.
ПОДШК’ИПЕР, подшкипера, ·муж. (мор.). Помощник шкипера.