Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Полынья, полыньи, полыньи, полыней, полынье, полыньям, полынью, полыньи, полыньёй, полыньёю, полыньями, полынье, полыньях
полынья́
-и, род. мн. -ней, дат. -ньям, ж.
Незамерзшее или уже растаявшее место на ледяной поверхности реки, озера, моря.
Сегодня я проехал мимо полыньи: несмотря на лютый мороз, вода не мерзнет, и облако черного пара, как дым, клубится над ней. И. Гончаров, Фрегат «Паллада».
В черневших во льду полыньях плавали одиночные птицы. Соколов-Микитов, В бухте Тихой.
ПОЛЫНЬЯ, и, род. мн. ней, ж. Незамёрзшее или уже растаявшее место на ледяной поверхности реки, водоёма. Сани провалились в полынью.
полынья́
ПОЛЫНЬЯ -и; мн. род. -ней, дат. -ньям; ж. Незамёрзшее или уже растаявшее место на ледяной поверхности реки, моря, озера. Незамёрзшая п. Широкая, узкая п. Провалиться в полынью. Плавать в полынье.
ПОЛЫНЬ’Я, полыньи, род. мн. полыней, ·жен. Незамерзший или уже растаявший участок ледяной поверхности реки, озера или моря, полое место на реке зимой (·срн. полый во 2 ·знач. ). Лед был сплошной, полыней не было видно.
Это слово, имеющее значение "незамерзшее место на покрытой льдом поверхности водоема", восходит к той же основе, что и полый.
< полынь