Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Протодьякон, протодьяконы, протодьякона, протодьяконов, протодьякону, протодьяконам, протодьякона, протодьяконов, протодьяконом, протодьяконами, протодьяконе, протодьяконах
протодья́кон
-а, м.
Дьякон высшего чина.
ПРОТОДЬЯКОН, а, м. В православной церкви: старший дьякон в соборе.
| прил. протодьяконский, ая, ое.
протодья́кон
ПРОТОДЬЯКОН -а; м. В православной церкви: дьякон высшего чина.
◁ Протодьяконский, -ая, -ое.
ПРОТОДЬ’ЯКОН, см. протодиакон.