Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Протодиакон, протодиаконы, протодиакона, протодиаконов, протодиакону, протодиаконам, протодиакона, протодиаконов, протодиаконом, протодиаконами, протодиаконе, протодиаконах
И ПРОТОДЬЯКОН, протодьякона, ·муж. (церк.). Дьякон высшего чина. см. прото....