Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Скакунья, скакуньи, скакуньи, скакуний, скакунье, скакуньям, скакунью, скакуний, скакуньей, скакуньею, скакуньями, скакунье, скакуньях
СКАК’УНЬЯ, скакуньи, род. мн. скакуний (·разг. ·фам. ). ·женск. к скакун во 2 ·знач.