Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Субстратосфера, субстратосферы, субстратосферы, субстратосфер, субстратосфере, субстратосферам, субстратосферу, субстратосферы, субстратосферой, субстратосферою, субстратосферами, субстратосфере, субстратосферах