Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Флагеллант, флагелланты, флагелланта, флагеллантов, флагелланту, флагеллантам, флагелланта, флагеллантов, флагеллантом, флагеллантами, флагелланте, флагеллантах
ФЛАГЕЛЛ’АНТ и ФЛАГЕЛЛЯНТ, флагелланта, ·муж. (·лат. flagellans — бичующий) (·ист. ). Последователь средневековой фанатической религиозной секты, считающей самобичевание средством к спасению души.