Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Шхеры, шхер, шхерам, шхеры, шхерами, шхерах
шхе́ры
шхер, мн.
Небольшие скалистые острова вблизи сложно расчлененных берегов морей и озер в областях прежнего оледенения.
[От швед. skär]
ШХЕРЫ, шхер. Скалы и небольшие скалистые острова у морских берегов, изрезанных фьордами. Скандинавские ш.
| прил. шхерный, ая, ое.
шхе́ры
ШХЕРЫ шхер; мн. [от швед. skar] Небольшие скалистые острова вблизи сильно изрезанных морских берегов; прибрежный морской район с такими островами. На Балтике изобилие шхер. Скандинавские ш. Войти в ш.
ШХ’ЕРЫ и шкеры, шкер, ед. нет (·швед. skar — утес). Небольшие скалистые острова и группы подводных и надводных скал у берегов, изрезанных фиордами. Финляндские шкеры. Норвежские шкеры.