Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Шхуна, шхуны, шхуны, шхун, шхуне, шхунам, шхуну, шхуны, шхуной, шхуною, шхунами, шхуне, шхунах
шху́на
-ы, ж.
Парусное судно, чаще с двумя или тремя мачтами и косыми парусами.
Изредка встречались черные океанские пароходы или промысловые шхуны с поднятыми парусами. Новиков-Прибой, Женщина в море.
[От англ. schooner]
ШХУНА, ы, ж. Морское судно с косыми парусами. Двухмачтовая, многомачтовая ш.
шху́на
ШХУНА -ы; ж. [от англ. schooner] Парусное судно, чаще с двумя или тремя мачтами и косыми парусами. Многомачтовая ш. Рыбачьи шхуны.
ШХ’УНА и шкуна, шкуны, ·жен. (·голланд. schoener) (мор.). Парусное деревянное судно с двумя н более мачтами.