Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Клубенёк, клубеньки, клубенька, клубеньков, клубеньку, клубенькам, клубенёк, клубеньки, клубеньком, клубеньками, клубеньке, клубеньках
-нька, м.
1.
уменьш. к клубень.
2. бот.
Вздутие, желвачок на корнях бобовых и некоторых других растений, образуемый особыми бактериями, усваивающими свободный азот атмосферы, который затем переходит в почву.