Грамматический словарь Зализняка (склонения слова):
Пеня, пени, пени, пеней, пене, пеням, пеню, пени, пеней, пенею, пенями, пене, пенях
пе́ня
1)
-и, ж.
Штраф за невыполнение или просрочку принятых по договору или установленных законом обязательств.
Члены канцелярии осуждены уплатить войску, сверх удержанных денег, значительную пеню. Пушкин, История Пугачева.
Проценты в банк не внесены уже за два срока, и разных недоимок и пеней скопилось больше двух тысяч. Чехов, В усадьбе.
2)
см. пени.
ПЕНЯ, и, род. мн. ей, м. Штраф за невыполнение в срок какихн. установленных законом или договором обязательств. Начисление пеней.
ПЕНЯ
1. ПЕНЯ, -и; ж. Штраф за невыполнение или просрочку принятых по договору или установленных законом обязательств; вид неустойки. Начисление пеней.
2. ПЕНЯ см. Пени.
П’ЕНЯ, пени, ·жен.
1. только ед. Устанавливаемый законом или договором штраф за невыполнение или просрочку выполнения принятых по договору или возложенных законом обязательств.
2. Жалоба, сетование, укор (·устар. ). «Для бедной легковерной тени... не нахожу ни слез, ни пени.» Пушкин. «Ты песне вверли жалобы и пени.» Брюсов. «Смешны твои мечты и легкомысленные пени.» Некрасов.
Это слово, имеющее значение "штраф за невыполнение в срок каких-либо обязательств или платежей", восходит к старославянскому пена – "штраф", заимствованному им из латинского, где роепа – "наказание" восходит к греч. poine – "возмездие". Кстати, к той же основе восходит и более привычное и понятное существительное цена.